Die Stufenkonferenzen bestehen insbesondere aus den an der betreffenden Schulstufe (Grund- bzw. Mittelstufe) der Hermann-von-Helmholtz-Schule tätigen Lehrkräften und eigenverantwortlich erzieherisch tätigen Personen und (mit beratender Stimme) jeweils einer Vertreterin oder einem Vertreter der Gesamtschülervertretung und Gesamtelternvertretung.
Die Stufenkonferenzen beraten die jeweils schulstufenbezogenen Angelegenheiten der Schule, insbesondere die pädagogische und fachliche Gestaltung der Bildungs- und Erziehungsarbeit sowie die kontinuierliche Entwicklung und Sicherung der schulischen Qualität. Sie können Beschlüsse fassen, soweit nicht die Schulkonferenz bzw. die Gesamtkonferenz entscheidet.